En los inicios de siglo el Real Murcia vivió diversas etapas en todo aquello que rodea a un Club de fútbol. Arrancó su andadura jugando en el campo de La Torre de La Marquesa y vistiendo de verde, indumentaria que utilizó hasta encontrar el color rojo pimentón con el que se le conoce en el mundo del fútbol nacional. Fueron unos primeros pasos complicados, pues se trataba de un deporte que apenas tenía arraigo en España, pero poco a poco se fueron haciendo las cosas con criterio y esto propició un crecimiento constante de la institución.
Es en la campaña 1923-24 el Club recibe el título de Real, otorgado por el Rey Alfonso XIII. A partir de ese momento se incorpora la corona al escudo. Es en 1929 cuando el ya Real Murcia compite en la primera Liga con carácter oficial, formando parte de la Tercera División. El estreno no fue afortunado pues se cayó por 4-1 ante la Deportiva y Cultural Leonesa pero a final de temporada se logró el ascenso a Segunda.
Tuvo que esperar a la campaña 1939-40, terminada la Guerra Civil, para obtener el ascenso a la máxima categoría del fútbol nacional. Realizó un gran curso, proclamándose campeón de su grupo ante los siguientes rivales: Cartagena, Elche, Alicante, Ferroviaria de Madrid, Imperio de Madrid, Burjassot de Valencia e Imperial. Después se las tuvo que ver con RCD La Coruña, Donostia de San Sebastián, Levante de Valencia y Cádiz FC, en una liguilla que empezó con dos derrotas. Pero reacción y terminó logrando el ansiado ascenso al vencer en la Tacita de Plata.
Hasta la actualidad, el Real Murcia ha pasado por todas las categorías del fútbol nacional. Ha disfrutado de Primera División, con los mejores jugadores del mundo, pero también ha visto como por uno u otros motivos debía militar en Segunda División B, e incluso Tercera. Pero si hay una categoría en la que el equipo grana ha estado esa es Segunda A. En ella ha participado en 53 ocasiones, siendo conocido a nivel nacional como ‘El Rey de Segunda’.
Para inaugurar el siglo XXI el Real Murcia lograría el ascenso a Segunda División A en la temporada 1999-2000, tras muchos años fuera del fñfútbol profesional. Con dicho logro comenzaría una década llena de alegrías para la afición murcianista con dos ascensos a Primera División (2002-2003 y 2006-2007) y uno a Segunda División A (2010-1011).
Jesús Samper construyó siendo Presidente del Real Murcia el estadio Nueva Condomina. El feudo del Club está considerado uno de los mejores estadios del panorama futbolístico nacional y con reconocimiento por parte de la UEFA. Este estadio ya ha visto 17 años de fútbol, conociendo todas las categorías desde la Primera División hasta la 2ª RFEF.
Desde su última temporada en Primera División, el Real Murcia viviría años de inestabilidad deportiva, sufriendo dos descensos a Segunda División B, uno de ellos administrativo en verano de 2014. Desde esa fecha el equipo cosechó su último éxito en la temporada 2021/2022, consiguiendo ascender desde Segunda RFEF a Primera Federación tras vencer en los playoffs al Rayo Cantabria y a la Peña Deportiva en el Estadio José Rico Pérez, en dos encuentros en los que el murcianismo se movilizó y logró desplazar a más de 15.000 espectadores al estadio alicantino.
En la primera temporada en Primera Federación, el equipo logró pelear durante toda la temporada por puestos de playoffs. Además, en verano de 2022 regresó al club tras 14 temporadas Pedro León, consiguiendo ser el máximo goleador del equipo y uno de los más goleadores de la categoría con 15 goles y 5 asistencias.